Ins Gerede kam das Lighthouse nicht nur wegen der Bären-Spendenaktion, sondern auch aus anderen Gründen: Lighthouse-Mitinitiator Heiko Sobel war eine charismatische Persönlichkeit, die nicht zuletzt in der Schwulenszene viele Anhänger, aber auch einige Gegner hatte. Sein über zehnjähriges Engagement für die Aids-Kranken ist unbestritten und in den berührenden Fotografien von Koni Nordmann im Buch "Aids-Zeit - Ich kann nicht mehr leben wie Ihr Negativen" dokumentiert. Doch später gerieten Pfarrer Sobel und seine frühere Tätigkeit fürs Lighthouse ins Zwielicht. Journalistische Recherchen enthüllten im Herbst 1999 nach dem plötzlichen und bis heute unerklärlichen Verschwinden des damaligen Lighthouse-Buchhalters, dass dieser zwar kein Geld mitgenommen hatte, aber dass schon seit Langem Einiges im Lighthouse-Betrieb unklar war. Vor allem der Beobachter veröffentlichte erneut happige Vorwürfe. Heiko Sobel habe als Geschäftsleiter der Stiftung "Stunde des Herzens" zehn Prozent der Nettoeinnahmen erhalten. Als Seelsorger habe er einer alten Frau ein Haus abgeschwatzt. Bei einer im Lighthouse verstorbenen Ärztin sei eine "Spende" von 200'000 Franken irgendwo versickert. Die mangelhafte Transparenz bei den Spendeneinnahmen und beim Lighthouse-Budget von mittlerweile rund drei Millionen Franken pro Jahr hatte schon Professor Ruedi Lüthy verärgert. Ein Neuanfang war nötig. Stiftungsratspräsident Hans-Peter Portmann:

"Die von mir eingeleiteten Untersuchungen und der darauf folgende Befund der Stiftungsaufsicht, dass es in Bezug auf das Lighthouse keine Unregelmässigkeiten und damit auch keinen entstandenen Schaden gab, reichten nicht aus, um in der Bevölkerung das Vertrauen wieder vollständig zurück zu gewinnen. Es blieb nichts anderes übrig, als auch einen radikalen Personalwechsel einzuläuten."