Urteil

Bereits Bonstetten grenzte sich in aller Öffentlichkeit ab und betonte seine Freundschaft zu von Müller als reine "ideale heroische Freundesliebe". Zusammen mit dessen Bruder Johann Georg wollte er ihn auf einen moralisch korrekten Weg zurückführen.

Nach 1807 begannen die "Deutschnationalen", die Gegner der napoleonischen Besatzung, das Bild des "Verräters" Müller zur Karikatur zu demontieren, indem sie sein "Liebesleben" hervorzerrten und mit negativer Bewertung blossstellten. Das verstärkte sich durch das ganze 19. Jahrhundert parallel zur medizinischen wie vor allem psychiatrischen Beurteilung dieser Liebe als Krankheit und Abnormität und dauerte bis weit ins 20. Jahrhundert hinein.

Da der "Griechische Eros" in Müllers Werk unübersehbar ist, wurde es nur noch mit kritisch-negativen Bemerkungen oder Fussnoten zitiert und mit ebensolchen Kommentaren in Biographien und Geschichtsbüchern abgehandelt oder erwähnt.

Eine mutige Ausnahme machte einzig Willy Stokar in seinem Essai "Das Rätsel der Freundschaft", welcher 1937 im Buch "Vier Essais über Johannes von Müller und seine Geistesart" bei Rudolf Geering in Basel erschienen ist.

Lange nach der Helvetischen Republik (1798-1815, mit der Einführung des Code Napoléon), als homosexuelles Verhalten längst wieder in fast allen Kantonen der Schweiz, auch in Schaffhausen, gesetzlich unter Strafe stand, wurde 1851 Johannes von Müller ein Denkmal errichtet. Es steht in der Fäsenstaubpromenade, hoch über Bahnlinie und Südwestteil der historischen Schaffhauser Altstadt. In den Gedenkreden und Nachrufen zur feierlichen Enthüllung verblieb aber eines, das Thema der "Griechischen Liebe", sorgsam verschämt verhüllt.