Im Dezember 1936 wurde Obermayer zu zehn Jahren Zuchthaus, zehn Jahren Ehrverlust und anschliessender Sicherheitsverwahrung verurteilt. Vom Prozess ausgeschlossen waren ausländische Journalisten und der Schaffhauser Anwalt, Fritz Rippmann, der seit Oktober desselben Jahres als Schweizer Vormund des Angeklagten amtete. Irgendeine Stellungnahme aus Bern erfolgte nicht. Dies, obwohl man auch in Bern die Nürnberger Ausgabe des Naziblattes Der Stürmer kennen musste. Dort titelte die Nr. 52 vom Dezember 1936:

"Satan vor Gericht - Der Prozess gegen den jüdischen Männerverderber Obermayer - Schauerliche Schandtaten eines echten Talmudjuden."

Bis 1942 blieb der Verurteilte Strafgefangener, dann wurde er mit Schutzhafteinweisung ins berüchtigte KZ Mauthausen überführt.

Auf seine dringende Anfrage erhielt Rippmann schliesslich im Frühjahr 1937 aus Schaffhausen die Urkunde, dass Vater Obermayer 1875 rechtmässig aus dem bayrischen Staatsverband entlassen worden sei. Aber auch dieses Dokument löste im zuständigen Departement in Bern keine wesentliche Reaktion aus. Rippmann bemühte sich nun um ein Gutachten des Basler Staatsrechtsprofessors Erwin Ruck und erhielt endlich im September 1942 die klare Antwort, dass

"Dr. Leopold Obermayer ausschliesslich als Schweizer und nicht als deutscher Staatsangehöriger zu betrachten ist".

Die Verlautbarung aus Bern zu diesen klaren Fakten erfolgte im November 1942 und war entmutigend:

"Wir stellen Ihnen anheim, uns diesen Straffall in Erinnerung zu rufen, wenn die Strafdauer abgelaufen sein wird." (Also ab Dezember 1946.)

Das war nicht nur entmutigend, das war ein Todesurteil. Denn zu diesem Zeitpunkt hatte die nationalsozialistische Vernichtungsmaschinerie ihren Höhepunkt erreicht und das war den schweizerischen Behörden ab Mai 1942 sehr wohl bekannt.

Obermayer, der noch im Januar 1943 an Rippmann geschrieben hatte, dass er krank sei und dass es ihm in jeder Beziehung schlecht gehe, starb im Konzentrationslager Mauthausen am 22. Februar 1943.