Die Stiftung Stonewall wurde aus dem finanziellen Überschuss der Ausstellung "Männergeschichten" gegründet, auf deren Rückzahlung die Sponsoren verzichtet hatten. Das anfänglich noch kleine Vermögen wuchs über die Jahre hinweg durch Spenden und Erbschaften. Konzipiert war "Stonewall" von Anfang an als gesamtschweizerische schwule Stiftung, deren Stiftungsrat sich aus schwulen Männern verschiedener Regionen der Schweiz zusammensetzt. Die nationale Ausrichtung wurde aber erst 1998 verwirklicht.