Passionierter Forscher

1890 entschloss er sich, "sein Lebens- und Arbeitsumfeld nach Italien zu verlegen". Zunächst begann er allein, dann mit der "Allgemeinen Geschichtsforschenden Gesellschaft der Schweiz" zusammenarbeitend seine bis zum Lebensende fortdauernde Forschertätigkeit. Er tat dies im seit 1883 durch den wissenschaftlich interessierten "Friedenspapst" Leo XIII der Forschung geöffneten vatikanischen Archiv, wo er vorerst Nuntiaturberichte zur eidgenössischen Geschichte der Mailänderzüge und der Reformation durchsah.

Ab 1893 wurden diese immer umfangreicher werdenden Arbeiten von der Eidgenossenschaft übernommen und dem Bundesarchivar in Bern anvertraut, denn es war nun klar, dass auch römische und andere italienische Archive in die Forschung miteinbezogen werden mussten.

"Die Ausführung aber lag einzig in den Händen des ehemaligen evangelischen Theologen Wirz. Dieser erfreute sich von Seiten der vatikanischen Behörden 'stets bereitwilliger und zuverlässiger Förderung'. [...] Wirz ging [...] völlig in seiner Arbeit auf. So dehnte er seine Aufgabe bald auf die anderen Archive und Bibliotheken in Rom und auch auf diejenigen in Parma, Florenz, Neapel, Mantua, Modena, Venedig, Bologna und besonders auf die wichtigen Staatsarchive Mailand und Turin aus. Ein besonderer Stab von Kopisten musste gebildet, jedem einzelnen die Arbeit zugewiesen und diese kontrolliert werden. [...] Dabei entwickelte sich aus dem Dilettanten der treffliche Kenner der oft schwer lesbaren Schriften der Urkunden, Akten und Register der verschiedenen Jahrhunderte."

"Die Abschriften [...] wuchsen mit der Zeit zu einem Berg von 800 Aktenbündeln heran. Diese wurden von Wirz laufend in Kisten verpackt und nach Bern versandt. Er beanspruchte dazu häufig die Hilfe der Schweizerischen Gesandtschaft in Rom (Diplomatenpost), da er befürchtete, 'dass bei Versendung seinerseits die Arbeit bei einer allfälligen Durchsuchung an der Grenze in Unordnung geraten könnte'." (Zitat nach Beat Frischknecht)

Der ununterbrochene Arbeitseinsatz forderte seinen Preis. 1898 erkrankte der schmächtig gebaute Wirz an einer "schweren Krankheit", die ihn zum völligen Aussetzen und im Frühling 1899 zu einem Erholungsaufenthalt in der Schweiz zwang. Danach kehrte er wieder nach Italien zurück.